S'il s'agit d'un site Natura 2000, l'évaluation doit tenir compte des formulaires standard de la Communauté européenne pour les sites Natura 20005  ; (zones de protection spéciale (ZPS), sites proposés d'importance communautaire (pSCI), sites d'importance communautaire (SCI) et pour les zones spéciales de conservation (SAC)).
Si un site Natura 2000 n'est pas concerné, une évaluation doit prendre en compte l'écart possible par rapport à la ligne de base des paramètres tels que la rareté / densité de l'espèce, la zone couverte par l'habitat et la résilience (capacité de récupération) des espèces et des habitats dans le site affecté négativement par l'occurrence préjudiciable et les facteurs de dommages.
Il convient de se référer aux tableaux d'IMPACT et d'ÉTAT pour la détermination des indices et des preuves de dommages à la biodiversité. La figure 14 ci-dessous représente le diagramme de décision pour la détermination des indices de dommages à la biodiversité protégée par l'ELD :
La figure 14 représente le diagramme de décision pour la détermination des indices de dommages à la biodiversité protégée par l'ELD :