Stanovení stop poškození biologické rozmanitosti chráněné směrnicí ELD lze provést na základě stavu ochrany druhu a/nebo stanoviště na místní úrovni (tj. v oblasti, kde k události došlo), na národní a biogeografické úrovni, například na základě údajů pro podávání zpráv podle směrnic o stanovištích a ptácích1 2 3, s využitím parametrů dostupných pro hodnocení stavu ochrany4.
Pokud se jedná o lokalitu Natura 2000, mělo by hodnocení zohlednit standardní formuláře Evropského společenství pro lokality Natura 20005 (zvláště chráněná území (ZCHÚ), navrhované lokality významné pro Společenství (pSCI), lokality významné pro Společenství (SCI) a pro zvláštní oblasti ochrany (SAC)).
Pokud se nejedná o lokalitu soustavy Natura 2000, mělo by hodnocení zohlednit možnou odchylku od základního stavu parametrů, jako je vzácnost/hustota druhů, plocha pokrytá stanovištěm a odolnost (schopnost obnovy) druhů a stanovišť v lokalitě negativně ovlivněných škodlivým výskytem a škodlivými činiteli.
Pro určení stop a důkazů poškození biologické rozmanitosti je třeba odkázat na tabulky IMPACT a STATE. Následující obr. 14 představuje rozhodovací schéma pro stanovení stop poškození biologické rozmanitosti chráněné směrnicí ELD:
Rozhodovací schéma pro určení stop a důkazů poškození biologické rozmanitosti

Figure 14 – Decision-making flowchart for the determination of the clues and evidence of damage to biodiversity.
1 https://cdr.eionet.europa.eu/help/habitats_art17
2 https://cdr.eionet.europa.eu/help/birds_art12
3 https://www.eionet.europa.eu/etcs/etc-bd/activities/reporting
4 Viz příloha I směrnice ELD a směrnice o stanovištích a ptácích.
5 https://natura2000.eea.europa.eu/Natura2000/SDF.aspx?site=GR2520003#2
2 https://cdr.eionet.europa.eu/help/birds_art12
3 https://www.eionet.europa.eu/etcs/etc-bd/activities/reporting
4 Viz příloha I směrnice ELD a směrnice o stanovištích a ptácích.
5 https://natura2000.eea.europa.eu/Natura2000/SDF.aspx?site=GR2520003#2